出現条件を説明するのが難しい。IE6はfloatを指定した要素の親要素にwidth属性を指定するとfloatした要素の高さが親要素に含まれるバグがあります（詳しくはIEでfloat属性を指定した要素の親要素のborderが消えるバグを見て下さい）。このバグが発生している場合に、float属性を指定した子要素が兄要素に指定されているmargin-bottomを継承するみたい。

実際には兄弟要素の属性を継承することはないと思いますが、継承しているとしか思えない挙動です。

IE6でfloatした要素が兄要素のmarginを継承（？）する例

親要素が“parent”、その子要素で“child1”、“child2”、“child3”。

“child2”、“child3”はmargin-bottom:0;を指定しているにも関わらず下に余白が発生。このスクリーンショットのソース

最後にfloatを指定しない弟要素を追加した例

余白は消えている。このスクリーンショットのソース

兄要素のmargin-bottomを指定しない例

同様に余白は消えている。このスクリーンショットのソース

Firefoxの例

Firefoxではこのようなバグはありません。子要素を全て囲むように親要素の背景がある場合など、親要素へのwidth指定は必須だと思われますが（他にもwidthを指定することによって防げるバグがあったと思う）、あちら立てればこちらが立たず、IEは本当に手間のかかるブラウザです。

兄要素（child1）を外に出す、margin属性の代わりにpadding属性を使う、marginの指定要素を変えるなどで対処するしか無いようです。