テンプレートをネストしてる場合の弊害ですが、いろいろ試した結果、回避方法がわかったのでメモ。

親テンプレートのhead内編集可能領域には何も書きません。

<head><!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<!-- TemplateEndEditable -->
</head>
</code>

子テンプレートのhead内編集可能領域にダミーで<script>タグを書きます。

<head><!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<script type="text/JavaScript">
<!--
//dummy
//-->
</script>
<!-- TemplateEndEditable -->
<!-- TemplateEndEditable -->
</head>

今のところ、僕の環境ではhead内にjavascriptが追加されるのを防げました。 テンプレートタグが二重になっているのは当然ながらテンプレートをネストしているためです。

ちなみに。macOS10.2.8と10.4.6でdreamweaverMX2004です。