テンプレートをネストしてる場合の弊害ですが、いろいろ試した結果、回避方法がわかったのでメモ。
親テンプレートのhead内編集可能領域には何も書きません。
<head>
〜
<!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<!-- TemplateEndEditable -->
</head>
子テンプレートのhead内編集可能領域にダミーで<script>タグを書きます。
<head>
〜
<!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<!-- TemplateBeginEditable name="head" -->
<script type="text/JavaScript">
<!--
//dummy
//-->
</script>
<!-- TemplateEndEditable -->
<!-- TemplateEndEditable -->
</head>
今のところ、僕の環境ではhead内にjavascriptが追加されるのを防げました。
テンプレートタグが二重になっているのは当然ながらテンプレートをネストしているためです。
ちなみに。macOS10.2.8と10.4.6でdreamweaverMX2004です。
補足：
全く追加されない場合と、編集可能領域に追加される場合があるようです。どちらにしても、領域外に追加されるよりはマシかと思われます。
同じことに遭遇しまして助かりました．
DreamweaverCS3 Win でも同様の方法で対策できました．